不同氨基酸會形成不同的二級結(jié)構(gòu)；延展的結(jié)構(gòu)是為了給氨基酸側(cè)鏈留下再大的自由空間，因此，那些有大量巨大側(cè)鏈的氨基酸容易形成β折疊結(jié)構(gòu)。這些氨基酸有：Tyr，?Trp（有時(shí)Phe，?Met）僅僅因?yàn)榉浅４螅?Val，?Thr因?yàn)榉种У?beta;?碳是巨大而且非常占空間的；Cys在β?碳上有一個(gè)大的硫原子；β?碳是側(cè)鏈上的第一個(gè)原子，因此巨大的側(cè)鏈?zhǔn)怪麈湻浅頂D。如果巨大基團(tuán)在第二個(gè)碳上，如Leucine，則很少引起這種問題。

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判斷易形成α螺旋氨基酸的主要依據(jù)是氨基酸側(cè)鏈包裹保護(hù)在螺旋核心的主鏈的氫鍵不被周圍的水分子干擾：

容易形成α螺旋的有Ala，?Leu，?Met，?Phe，?Glu，?Gln，?His，?Lys，?Arg

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下面列舉的氨基酸有可以打亂二級結(jié)構(gòu)形成的側(cè)鏈，被叫做二級結(jié)構(gòu)阻斷者（Breaker），?包括Gly，?Pro，?Asn，?Asp，?Ser：

在Gly中，側(cè)鏈只是一個(gè)單一的氫原子，太小不能保護(hù)主鏈的氫鍵被周圍的水分子影響。

Pro比較特殊因?yàn)樗膫?cè)鏈直接連于主鏈的N上，占據(jù)了形成氫鍵的位點(diǎn)。

在Asp，?Asn，?Ser中側(cè)鏈在與附近主鏈N-H或C=O基團(tuán)形成氫鍵的理想范圍之內(nèi)。因此實(shí)際上這些氨基酸并不是保護(hù)附近的氫鍵而是干擾它們。

一群Breaker會使該區(qū)域形成轉(zhuǎn)角或環(huán)，因?yàn)楦蓴_了周圍氨基酸的正常二級結(jié)構(gòu)而且形成二級結(jié)構(gòu)環(huán)。

???現(xiàn)在有很多的資料和計(jì)算機(jī)軟件可以提供氨基酸的分子量和形成各種結(jié)構(gòu)的可能性，有些軟件還可以根據(jù)給出的序列預(yù)測其二級結(jié)構(gòu)。氨基酸之間形成的二級結(jié)構(gòu)是相互作用影響的。比如只有幾個(gè)易形成α螺旋的氨基酸分散在易形成β折疊的序列中，最后呈現(xiàn)出來的是β折疊結(jié)構(gòu).?在一條多肽中，如果連續(xù)6個(gè)或更多氨基酸的段中有60%的為易形成α螺旋的同時(shí)少于20%的Breaker，則很容易形成α螺旋；如果在5個(gè)以上氨基酸的段中有60%的容易形成β折疊而少于20%?Breaker，則容易形成β折疊；2個(gè)或2個(gè)以上的breaker出現(xiàn)在4個(gè)氨基酸的段中則會導(dǎo)致轉(zhuǎn)角或環(huán)