化學合成的多肽抗原是小分子，?本身很難具有好的抗原性，只能誘導動物產(chǎn)生很弱的免疫反應，因而與載體蛋白交聯(lián)是很重要的。載體蛋白含有很多抗原決定基，能夠刺激T－幫助細胞，進而誘導?B－細胞反應。用于與多肽交聯(lián)的載體蛋白有多種，其中最常用的是keyhole?limpet?hemacyanin?(KLH),?牛血清白蛋白（bovine?serum?albumin，BSA）,?卵清蛋白（ovalbumin，OVA）和牛甲狀腺球蛋白（bovine?thyroglobulin，THY)。KLH具有更高的抗原性，是最為常用的多肽交聯(lián)載體。BSA也常用來作為多肽載體，但由于BSA經(jīng)常被用做檢測試驗的阻斷劑而使得該方法生產(chǎn)的抗體在應用上存在著一定的局限性。

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??設計合成性多肽常常被忽略的一個方面是如何將多肽交聯(lián)到載體蛋白上。例如，N－端序列需要通過C－端氨基酸交聯(lián)，而C－端序列則需要通過N－端氨基酸交聯(lián)。內(nèi)部序列則可以交聯(lián)到任何一端。內(nèi)部序列交聯(lián)的另一考量則是將非共軛端?；虬被?，因為原蛋白分子序列中不會含有帶電荷的末端。最常用的交聯(lián)方法都是基于自由氨基(alph-氨基?或?Lys)、sufhydryl?(Cys)或羧基集團(Asp,?Glu,?或?alpha-羧基)的存在。所有的交聯(lián)方法都應該是通過羧基或氨基端殘基將多肽交聯(lián)到載體蛋白上。所選序列不能有多個殘基都能參與所選交聯(lián)化學反應。如果多個反應位點存在，可以考慮將多肽序列縮短，或者選擇所有反應位點都位于一端的多肽。對于內(nèi)部序列通常會使用離所預測抗原位點較遠的一端進行交聯(lián)，這樣可以避免可能的屏蔽問題