離子交換層析法大致分為5個(gè)步驟：1.      離子擴(kuò)散到樹脂表面。2.      離子通過樹脂擴(kuò)散到交換位置。3.      在交換位置進(jìn)行離子交換；被交換的分子所帶電荷愈多，它與樹脂的結(jié)合愈緊密，也就愈不容易被其它離子取代。4.      被交換的離子擴(kuò)散到樹脂表面。5.      沖洗液通過，被交換的離子擴(kuò)散到外部溶液中。 離子交換樹脂的交換反應(yīng)是可逆的，遵循化學(xué)平衡的規(guī)律，定量的混合物通過管柱時(shí)，離子不斷被交換，濃度逐漸降低，幾乎全部都能被吸附在樹脂上；在沖洗的過程中，由于連續(xù)添加新的交換溶液，所以會朝正反應(yīng)方向移動，因而可以把樹脂上的離子沖洗下來。如果被純化的物質(zhì)是類的分子，則分子上的凈電荷取決的等電和溶液的pH值，所以當(dāng)溶液的pH 值較低，分子帶正電荷，它將結(jié)合到強(qiáng)酸性的陽離子交換樹脂上；隨著通過的緩沖液pH逐漸增加，將逐漸失去正電荷，結(jié)合力減弱，最后被洗下來。由于不同的等電不同，這些將依次被洗出，最先被洗出的是酸性，如apartic acid和glutamic acid（在約pH3~4時(shí)），隨后是中性，如glycine和alanine。堿性如arginine和lysine在pH值很高的緩沖液中仍帶有正電荷，因此這些在約pH值高達(dá)10~11時(shí)才出現(xiàn)。